De leerlingen in de Tweede Fase volgen een programma dat bestaat uit:

• het gemeenschappelijke deel
• het profieldeel
• het vrije deel

Het gemeenschappelijke deel is voor iedereen verplicht. In het gemeenschappelijke deel krijgt de leerling Nederlands, Engels, maatschappijleer, culturele- en kunstzinnige vorming en lichamelijke opvoeding. Atheneumleerlingen hebben bovendien ook nog algemene natuurwetenschappen en een moderne vreemde taal (Frans of Duits).

Het profieldeel bereidt voor op een scala van vervolgopleidingen in het hoger beroepsonderwijs en het wetenschappelijk onderwijs.

De leerlingen kiezen één van de volgende profielen:

• Cultuur en Maatschappij (C&M)
• Economie en Maatschappij (E&M)
• Natuur en Techniek (N&T)
• Natuur en Gezondheid (N&G)

In het vrije deel moet de leerling vakken kiezen die aansluiten bij of een aanvulling geven op het gekozen profiel.

Het vak godsdienst is voor elke leerling een verplicht vak in de gehele Tweede Fase.

Onderwijs
In de Tweede Fase wordt de leerling langzaamaan voorbereid op een grotere zelfstandigheid. In het begin zal de leerling nog veel begeleid worden door de docent, maar naarmate hij verder komt in de Tweede Fase wordt er meer zelfstandigheid van de leerling verwacht en krijgt de leerling meer verantwoordelijkheid voor zijn eigen leerproces. Naast het verwerven van (feiten) kennis speelt het ontwikkelen van vaardigheden een belangrijke rol in de Tweede Fase. Daarbij moet gedacht worden aan het maken van een planning, mondeling of schriftelijk presenteren, samenwerken, interviewen, het maken van een werkstuk enz.
Aan het einde van de schoolloopbaan, in havo-5 of atheneum-6, moet de leerling een profielwerkstuk schrijven. In dit werkstuk moet de leerling er blijk van geven in de loop van de Tweede Fase een aantal praktische vaardigheden te hebben aangeleerd.
Met uitzondering van het vak godsdienst zijn alle vakken in de Tweede Fase examenvakken: ieder vak telt op de één of andere manier mee bij het vaststellen van de uitslag van het examen.
Tijdens de informatieavond voor de ouders van leerlingen van havo-4 en atheneum-4 wordt uitgebreid ingegaan op de organisatie van de Tweede Fase.

Mentoraat
Net als in de onderbouw wordt de leerling in de Tweede Fase begeleid door een mentor. In de Tweede Fase is echter geen sprake meer van een klassenmentor (een docent die mentor is van een hele klas). Het mentoraat in de Tweede Fase is verticaal ingericht, d.w.z. dat de leerling gedurende zijn of haar gehele schooltijd in de bovenbouw dezelfde mentor heeft, die de leerling begeleidt op sociaal-emotioneel gebied, de voortgang van de studie met hem/haar bespreekt en de voortgang van het toekomstdossier bewaakt.

Naarmate de leerling verder komt in de Tweede Fase wordt er meer zelfstandigheid verwacht en krijgt hij/zij meer verantwoordelijkheid voor het eigen leerproces.

Doorstroming havo-5 naar atheneum-5

Hoewel de 'gulden weg' die van havo-5 naar het Hoger Beroepsonderwijs is, bestaat ook de mogelijkheid om van havo-5 naar atheneum-5 door te stromen, om zo bijvoorbeeld een studie op wetenschappelijk niveau te kunnen gaan volgen. Deze weg volgen heeft alleen zin als je heel gemotiveerd bent en als de cijfers op havo-niveau boven gemiddeld zijn. Na havo-5 alleen maar naar atheneum-5 gaan omdat nog niet duidelijk is wat voor vervolgonderwijs gevolgd zal gaan worden, heeft weinig zin en is gedoemd te mislukken. Veel doorstromers struikelen omdat zij het niveau en het tempo onderschatten. Maar gelukkig zijn er ook veel doorstromers die zonder problemen het vwo-diploma behalen, omdat zij enorm gemotiveerd waren dat papiertje te pakken te krijgen.

Leerlingen die doorstromen van havo-5 naar atheneum-5:

• krijgen vrijstelling voor de vakken algemene natuurwetenschappen, maatschappijleer en CKV.
• de vrijgekomen onderwijstijd moet alsnog worden ingevuld. In overleg met de conrector zal per leerling worden vastgesteld hoe de vrijgekomen onderwijstijd concreet ingevuld gaat worden.
• moeten er wel rekening mee houden dat in atheneum-5 Frans of Duits verplichte vakken zijn in het gemeenschappelijke deel.
• kunnen in principe hetzelfde profiel houden. Alleen leerlingen met het profiel C&M moeten er rekening mee houden dat het vereist is dat zij op de havo in het vrije deel wiskunde hebben, omdat er zonder wiskunde geen aansluiting mogelijk is op het wiskundeprogramma van het atheneum.
• mogen in atheneum-5 niet doubleren.

Leerlingen die willen doorstromen, moeten in eerste instantie contact opnemen met de decaan.
De decaan vraagt het advies van de docenten, zodat er informatie is over de leerling die van belang kan zijn voor de begeleiding.
In juni is er een intakegesprek met de conrector TF-atheneum.

Voor Frans 1 en Duits 1, maar ook voor enkele andere vakken is er aanvullend werk nodig.

Faalangstreductietraining in de Tweede Fase

Bijna iedereen kent het verschijnsel dat men voor een toets of examen een bepaalde spanning voelt. Dat is een heel normaal verschijnsel en in de meeste gevallen heeft die spanning zelfs een positieve uitwerking op de prestatie die geleverd moet worden. Anders wordt het als de spanning zo hoog oploopt, dat je eigenlijk niet helder meer kunt nadenken. Zeker op school, waar juist van je verwacht wordt, dat je je verstand gebruikt bij het houden van een presentatie of bij het maken van een toets, werkt die stress soms heel negatief. Sommige leerlingen hebben misschien wel het juiste niveau om met succes een toets af te sluiten, maar zijn door de zenuwen niet in staat te laten zien wat ze eigenlijk kunnen. Doordat ze dat ervaren hebben, is elke volgende toets een nog groter probleem. Goede adviezen als "maak je niet zo druk" blijken dan niet meer te helpen en stimulerende opmerkingen als "je kan het" verliezen al hun kracht. Het lijkt, dat je door de spanning in een uitzichtloze situatie terecht bent gekomen. Dat hoeft echter niet het geval te zijn.
Onder begeleiding van speciaal opgeleide trainers zijn er verschillende oefeningen te doen, waardoor iemand met faalangst langzamerhand weer de controle over zijn handelen en denken weet terug te krijgen. Uiteindelijk ben je na zo’n training meestal niet van het probleem af, maar je hebt wel geleerd hoe je in jouw situatie er het best mee om kunt gaan.

Op "De Willem" wordt in de brugklas een training gegeven aan leerlingen die met het probleem van faalangst te maken hebben, maar daarmee is het probleem niet altijd uit de wereld. Talloze leerlingen doorlopen de onderbouw zonder een spoor van angst of stress, maar eenmaal in de bovenbouw worden zij geconfronteerd met een verschijnsel, dat zij in eerste instantie nauwelijks herkennen. De spanning slaat toe. Dat is de reden, dat ook in de bovenbouw de mogelijkheid bestaat een faalangstreductietraining te volgen.

Leerlingen die menen baat te hebben bij zo’n training kunnen dit aan de mentor kenbaar maken, waarna deze contact zoekt met de trainer. Meestal volgt er daarna een intakegesprek en wordt de Vragenlijst Studie Voorwaarden aan de betrokken leerling voorgelegd. Als er daarna inderdaad reden is te veronderstellen, dat er sprake is van faalangst, dan krijgt de leerling met zijn begeleider de gelegenheid om gedurende acht weken te werken aan het probleem. Op die manier hoopt de school - vaak overbodige - belemmeringen in het leerproces zoveel mogelijk weg te werken.

Leerlingen die menen baat te hebben bij faalangsttraining kunnen dit aan de mentor kenbaar maken, waarna deze contact zoekt met de trainer.